Postoje razne okolnosti koje mogu utjecati na provedbu projekta, stoga postoji mogućnost izmjene ugovora kako bi se zadovoljila potreba prilagodbe Ugovora o dodjeli bespovratnih sredstava.
Izmjene Ugovora su dozvoljene i moguće samo u onoj mjeri i s onim učinkom koji ne dovodi u pitanje zaključke postupka dodjele bespovratnih sredstava, odnosno ocjenu prihvatljivosti i kvalitete projektnog prijedloga, te postupanje u skladu s načelom jednakog postupanja.
Izmjena ili dopuna Ugovoru kojom se uvodi nova/mijenja postojeća aktivnost i povezani troškovi moguća je kada su kumulativno ispunjeni sljedeći uvjeti:
- izmjene su nastale zbog nepredvidivih okolnosti koje su nastupile nakon predaje projektne prijave na temelju sklopljenog Ugovora – posljedica okolnosti koje prijavitelju u trenutku podnošenja nisu bile poznate niti predvidive
- izmjene su nužne za uredno izvršenje Ugovora – bez iste korisnik neće biti u mogućnosti (jednako uspješno) ostvariti rezultate, ciljeve i pokazatelje projekta i doprinosi uspješnijoj i/ili lakšoj provedbi Ugovora u ostvarenju ciljeva i rezultata
- povezani troškovi ne smiju prijeći ukupne prihvatljive troškove
- za okolnosti koje su dovele do potrebe za uvođenjem izmjene nije odgovorna niti jedna ugovorna strana.
Sve izmjene koje ne ispunjavaju kumulativno navedene uvjete, dopuštene su pod uvjetom da troškove povezane s izmjenom snosi Korisnik.
KOD IZMJENA UGOVORA RAZLIKUJU SE:
- izmjena na temelju zahtjeva ugovorne strane
- izmjene na temelju odluke PT2
- izmjene manjeg značaja
Ukoliko se radi o manjim izmjenama Ugovora iste ne zahtijevaju sklapanje pisanog Dodatka ugovoru, dok se u slučaju većih izmjena sastavlja Dodatak Ugovoru.
IZMJENA NA TEMELJU ZAHTJEVA UGOVORNE STRANE
Veće izmjene i/ili dopune zahtijevaju potpisivanje Dodatka Ugovoru o dodjeli bespovratnih sredstava u sljedećim situacijama:
- uvjeta vlasništva nad projektom i na druga stvarna prava na stvarima financiranih iz proračuna projekta proizašlih iz projekta, kao i na ostala imovinska prava povezana i nastala iz određenog projekta
- odobrenog financijskog iznosa i/ili iznosa postotka Korisnikovog sufinanciranja projekta s time da se iznos bespovratnih sredstava kako je naveden u relevantnoj odluci o financiranju ne može povećati
- preraspodjela između glavnih proračunskih elemenata projekta koja uključuje odstupanje veće od 20% izvorne vrijednosti (ili određenog dodatkom ugovoru)
- neostvarenje ciljanih vrijednosti pokazatelja koji uključuju varijacije od preko 15% vrijednosti navedenih u Ugovoru
- drugi aspekti Ugovora sa značajnim utjecajem na opseg projekta i ciljeve (promjene projektnih aktivnosti, fizičke osobine i/ili funkcionalne namjene projekta, razdoblje provedbe, rezultate projekta).
Svaka od ugovornih strana može zahtijevati da se Ugovor izmjeni Dodatkom Ugovoru. O izmjenama Ugovora, o kojima su se usuglasile sve ugovorne strane, sastavlja se Dodatak Ugovoru koji moraju potpisati sve strane u Ugovoru.

Dodatak stupa na snagu na dan potpisivanja izmjena i dopuna i to kada ga potpiše posljednja strana.
U slučaju donošenja Odluke PT-a o djelomičnom ili potpunom odbijanju Korisnikova zahtjeva za izmjenu i/ili dopunu Ugovora ista mora biti obrazložena i dostavljena Korisniku.
IZMJENE NA TEMELJU ODLUKE PT2
PT2 je jedino tijelo koje može koristiti instrument izmjene Ugovora jednostranom odlukom, bez potpisivanja Dodatka Ugovoru, tijekom cijelog razdoblja izvršavanja Ugovora (dakle i tijekom 5 godina izvještavanja nakon završetka provedbe projekta) za
- smanjenje iznosa bespovratnih sredstava
- izmjene odredbi Ugovora koje su u suprotnosti s nacionalnim zakonodavstvom ili zakonodavstvom EU.
Smanjenje iznosa bespovratnih sredstava se provodi u sljedećim slučajevima:
a) kada su nedvojbeno utvrđene teže pogreške ili nepravilnosti te su troškovi proglašeni neprihvatljivima
b) kada Korisnik nije ostvario ciljane vrijednosti pokazatelja i/ili rezultata Projekta
c) kada se nedvojbeno utvrdi da postoje očite uštede u projektu u usporedbi s odobrenim bespovratnim sredstvima i ostvarenim ili planiranim troškovima
d) kada PT2 donese odluku o potrebi financijskog ispravka Ugovora bez njegova mijenjanja temeljem članka 61. Uredbe (EU) br. 1303/2013 i članka 15. Delegirane uredbe Komisije (EU) br. 480/2014.
PRIMJER JEDNOSTRANE IZMJENE UGOVORA
Dana 11. ožujka 2020. Svjetska zdravstvena organizacija proglasila je stanje pandemije virusa COVID-19 te je Vlada Republike Hrvatske istog dana proglasila epidemiju uzrokovanu navedenim virusom.
Nastavno na Zaključak Vlade Republike Hrvatske od 17. ožujka 2020. godine kojim je prihvaćen prijedlog mjera za pomoć gospodarstvu uslijed pandemije koronavirusa, SAFU u svojstvu PT2 pristupa jednostranoj izmjeni ugovora o dodjeli bespovratnih sredstava sukladno odredbi vezanoj uz izmjene propisa u nacionalnom zakonodavstvu i zakonodavstvu EU.
U tom slučaju nema izrade Dodatka ugovora o dodjeli bespovratnih sredstava te se Korisnik obavještava o izmjeni ugovora o dodjeli bespovratnih sredstava.