U strukturi ugovora o bespovratnim sredstvima iz nadležnosti SAFU, u odnosu na vrstu predmeta nabave, nabave radova brojčano čine u prosjeku 4% svih nabava, no njihova vrijednost čini oko 78% vrijednosti troškova projekata. Iako se riječ infrastruktura obično odnosi na tehničke strukture i sustave koji podržavaju društvo, kao npr. ceste, vodovod, kanalizacija, elektroopskrba, u ovom ih slučaju možemo shvatiti šire kao infrastrukturu za provedbu ciljeva projekata pa se tako odnosi i na socijalnu, zdravstvenu, sveučilišnu ili znanstveno-istraživačku infrastrukturu te isto tako i na turističku ili poslovnu infrastrukturu u smislu osiguravanja fizičkih preduvjeta za provedbu neke djelatnosti ili usluge.
Provedba infrastrukturnih projekata počinje pripremom projektnog zadatka koji treba odgovarati postavljenim ciljevima projekta. Temeljem projektnog zadatka izrađuje se projektna dokumentacija. Isto se radi odabirom najboljeg rješenja u postupku provedbe arhitektonskog natječaja ili provedbom javne nabave za odabir projektanta. Za pojedine lokacije i javne objekte, provedba arhitektonskog natječaja propisana je prostornim planovima. S odabranim projektantom i njegovim timom inženjera sklapa se ugovor o izradi projektne dokumentacije. Ugovor najčešće obuhvaća izradu idejnog rješenja, glavnog projekta, pomoć pri ishođenju građevinske dozvole, pripremu izvedbenog projekta i troškovnika za potrebe ugovaranja radova. Glavni projekt, ovisno o vrsti građevine, odnosno tipu i veličini planiranog zahvata, sadrži arhitektonski, građevinski, elektrotehnički i strojarski projekt te za građevinu za koju se ne izdaje lokacijska dozvola, a određuje formiranje građevne čestice, i geodetski projekt. Osim projektne dokumentacije, glavni projekt čini i niz specifičnih elaborata ovisno o vrsti i mjestu zahvata.
Troškovnik radova temelj je za izradu dokumentacije o nabavi, odnosno za odabir i ugovaranje izvođača radova. Radovi se mogu ugovarati temeljem količina i jediničnih cijena svake stavke radova, a plaćanje se vrši sukladno stvarno izvedenim količinama ovjerenima od strane nadzornog inženjera. Drugi najčešći način ugovaranja je s klauzulom „ključ u ruke“ i paušalnom cijenom radova kompletiranih do faze propisane ugovorom. Na cijenu radova s klauzulom „ključ u ruke“ ne bi smjele utjecati razlike u stvarno izvedenim količinama ili neke nepredviđene situacije. Kod takvog ugovora izvođač radova preuzima rizik na sebe i zbog toga su tako izvedeni radovi najčešće skuplji od radova koji se provode temeljem jediničnih cijena i stvarno izvedenih količina.
Plaćanje radova najčešće se provodi mjesečno po dostavi privremene situacije za plaćanje koju je prethodno ovjerio nadzorni inženjer te po završetku radova na temelju završnog obračuna i ovjerene okončane situacije.
Procedura, rokovi, način obračuna radova, pojedine obaveze i prava svih strana u ugovoru (investitor/naručitelj, nadzorni inženjer i izvođač radova) propisani su općim i posebnim uvjetima ugovora o radovima.
Općim i posebnim uvjetima reguliraju se početak radova, rokovi i postupanja vezano za plaćanja, provedbu radova, ispitivanja, izmjene ugovora, tražbine, završetak radova, osiguranje od odgovornosti, bankovna jamstva, pravo strana na raskid itd. U slučaju većih infrastrukturnih projekata najčešće se ugovori potpisuju temeljem standardnih internacionalnih ugovora kao što su, FIDIC opći uvjeti ugovaranja. FIDIC je kratica nastala od francuskog naziva međunarodne udruge inženjera (Fédération Internationale Des Ingénieurs-Conseils), koji su pripremili cijelu paletu FIDIC ugovora ovisno o vrstama i kompleksnosti objekata, načinu obračuna radova te rizicima koje preuzimaju ugovorne strane.
Osim općih uvjeta ugovora, provedbu radova regulira i važeće zakonodavstvo u području graditeljstva. Zakonom je regulirano da se početak radova mora prijaviti nadležnim tijelima te koje sve informacije moraju biti navedene na prijavi početka radova, kao što su ime investitora, čestica na kojoj se gradi, naziv i opis zahvata, oznake i datumi građevinske dozvole, naziv izvođača radova, naziv podizvođača, imenovanja nadzornih inženjera, procijenjeno trajanje radova itd. Osim toga, zakonom je propisano da izvođač radova mora voditi Građevinski dnevnik radova, koji ovjerava nadzorni inženjer.
Zakonom je također regulirano da investitor mora osigurati provedbu stručnog nadzora građenja te imenovati koordinatora zaštite na radu. Ukoliko se radovi izvode na objektu koji je zaštićeno kulturno dobro ili se planira gradnja infrastrukture na području koje je arheološko nalazište, tada je građevinskom dozvolom propisano da se tijekom gradnje mora osigurati konzervatorski nadzor, odnosno, arheološki nadzor i arheološka istraživanja ukoliko se u provedbi radova naiđe na vrijedne iskopine.
Najčešći problemi koji se javljaju tijekom provedbe radova su dodatni troškovi koji proizlaze iz nepredviđenih okolnosti na terenu, pogrešaka u projektnoj dokumentaciji ili želje investitora da tijekom provedbe radova uvede naknadne elemente koji nisu sadržani u osnovnom ugovoru. Osim dodatnih troškova, često dolazi do situacija da je potrebno produljiti ugovoreni rok završetka radova. Ukoliko izvođač radova nije odgovoran za produljenje, ono se regulira dodatkom ugovoru, no ukoliko se radi o kašnjenju koje je posljedica nemara ili spore izvedbe radova, tada investitor/naručitelj ima pravo na naplatu ugovorne kazne.
Radovi se završavaju tehničkim pregledom i uporabnom dozvolom, odnosno primopredajom radova i izdavanjem Potvrde o preuzimanju radova, a nakon toga slijedi završni obračun radova i plaćanje okončane situacije. Ugovorom je propisan jamstveni rok za radove, a Zakon o obveznim odnosima regulira dvogodišnju odgovornost izvođača za skrivene nedostatke te za nedostatke građevine koji se tiču ispunjavanja bitnih zahtjeva za građevinu, ako se ti nedostaci pokažu u razdoblju od deset godina od predaje i primitka radova.
Osim osnovnih elemenata provedbe svih ugovora o radovima, tijekom provedbe ugovora koji se financiraju iz europskih strukturnih i investicijskih fondova potrebno je obratiti pozornost i na odredbe Zakona o javnoj nabavi o upotrebi proizvodnih imena, robnih marki i normi te na moguće izmjene ugovora koje moraju biti usklađene s odredbama o prihvatljivosti iz Poziva za dostavu projektnih prijedloga, odredbama ugovora o bespovratnim sredstvima te Zakonom o javnoj nabavi. Nadalje, prilikom plaćanja izvedenoga potrebno je voditi brigu o plaćanju podizvođačima. Po završetku radova, objekt je potrebno koristiti u skladu s planiranom funkcijom, definiranim ciljevima i indikatorima projekta te ga održavati na način koji omogućava kvalitetno i sigurno korištenje.
Tijekom provede radova i po završetku istih potrebno je na propisani način osigurati vidljivost EU sufinanciranja. Vrlo često početak radova na velikim infrastrukturnim projektima kao i završetak istih te početak korištenja objekta obilježavaju se svečanim otvorenjima te je tom prilikom potrebno istaknuti sufinanciranje iz EU fondova.