Ugovaranje programa Phare 2006 odvijalo se u težim uvjetima i s postroženim kriterijima, od prethodnih programa, koje je postavila Europska komisija poučena lošim upravljanjem EU sredstvima u nekim zemljama članicama. Važno je napomenuti kako je Delegacija Europske komisije odobravala svaki korak u procesu javne nabave, od objave natječaja, odabira najboljeg ponuđača do samog potpisivanja ugovora. Strogi kriteriji dovodili su do vremenskih zastoja, no hrvatske institucije naučile su raditi u skladu s visokim zahtjevima, što je dokazano s ovim odličnim rezultatom. Također, stečeno je i neprocjenjivo iskustvo za ugovaranje programa IPA, za koji je alocirano 589, 9 milijuna eura u razdoblju od 2007-2010.
Iako je u prosincu prošle godine Europska komisija postavila šest mjerila, te su suspendirane ovjere na potpisivanje ugovora iz programa Phare 2006 i smanjen iznos sredstva za programu IPA 2008 za 5 milijuna eura, već za nekoliko mjeseci došlo je do vidljivih pomaka u uspostavi kvalitetnog sustava upravljanja EU fondovima. Tako je Europska komisija u srpnju povukla odluku o privremenoj suspenziji te je vraćeno 5 milijuna eura za program IPA 2008, čije je programiranje (prijava i odobravanje projekata) upravo u tijeku.
